2000年8月，市委、市政府根据国务院印发的《国家药品监督管理局药品监督管理体制改革方案》，在宁波市医药管理局的基础上增挂宁波市药品监督管理局牌子，将由卫生部门管理的宁波市药检所成建制划归市医药管理局管理。9月16日，市政府举行了市药品监督管理局挂牌仪式，在省内第一个实现了药政、药检职能的归并，初步形成集中统一的药品监督管理体制。

2001年10月，根据《宁波市机构改革实施方案的通知》（甬党[2001]14号）和《宁波市药品监督管理系统体制改革实施意见》（甬政发[2001]146号）精神，组建市药品监督管理局，同时撤销宁波市医药管理局，全市除海曙、江东、江北三区外，6个县（市）全部设立药监局，镇海、北仑设立分局，全市药品监督管理机构实行市以下垂直管理；10月，为进一步加强对药品质量的监管，加大行政执法力度，根据市编办《关于建立宁波市药品稽查大队的批复》（甬编字[2001]23号）精神，宁波市药品稽查大队正式成立； 11月28日，市政府召开了全市药监体制改革工作会议，部署实施全市药监体制改革工作；2002年4月，市政府印发了《宁波市药品监督管理局职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（甬政办发[2002]95号），明确宁波市药品监督管理局是市政府主管药品监督管理的直属机构，主要职能是负责对辖区内药品、药用辅料、医疗器械、卫生材料、医药包装材料及容器的研制、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督。市局编制33个，内设机构为7个职能处室（办公室、政治处、政策法规处、市场监督处、安全监管处、医疗器械处、直属监管处），下设宁波市药品检验所、宁波市药品稽查大队两个直属单位。4月26日，召开了全市县级药监机构成立大会，到6月底，鄞州区（县改区）、北仑区、镇海区3个分局和余姚、慈溪、奉化、宁海、象山5个县级药监局全部正式开始履行药品监督管理职能，市以下垂直管理的药品监管体制正式形成。